Començada a construir-se en 1734, esta església va ser inaugurada el 14 d'agost de 1751, amb l'acte processional del trasllat del Santíssim Sagrament del vell temple al nou. Un dels elements constructius exteriors més destacables és la seua cúpula recoberta de teules de reflex metàl•lic daurat, que la convertix en excepcional dins de la variada tipologia d'esglésies valencianes de l'època. Esta cúpula és perfectament visible des de la Capelleta o Capella de Sant Antoni.


La fatxada es dividix en tres parts: la central i dos cossos laterals, que fan la impressió que es van projectar com a torres, encara que només se'n va construir la de l'esquerra, que és la que alberga el campanar. L'element arquitectònic més sobreïxent d'esta fatxada és sens dubte la portada d'inspiració clàssica, que marca l'accés principal a este temple, i està realitzada en pedra tallada. En la part superior d'esta portada se situa una fornícula que alberga la imatge, també pètria, del titular de l'Església parroquial, Sant Joan Baptista, obra de de l'escultor Octavio Vicent, realitzada a mitjan segle XX. D'esta mateixa època és l'afegit decoratiu extemporani consisteix en les diverses composicions de taulellets amb formes mixtilínies de la fatxada, a base de rocalles i amb un rellotge de sol format per un panel de taulellets d'estil n'abarroco, tot allò realitat al taller de José Gimeno.


En el lateral dret de l'església es van col•locar recentment una sèrie de panells ceràmics estil segle XVIII, realitzats per Juan Colón Buendía per a commemorar el 250 aniversari de la Translació del Santíssim Sagrament del vell temple al nou.


L'interior d'este temple és d'estil Neoclàssic, amb característiques barroques, i la seua planta té forma de creu llatina enquadrada en un rectangle. D'una sola nau, allotja en els seus estreps una sèrie de capelles en què es troben les diferents imatges venerades pels manisers catòlics. Entre totes elles, compten amb especial devoció les Santes Justa i Rufina, patrones de la ciutat de Manises i també dels ceramistes.


Després de la nau central, i en la seua part esquerra, es troba la Capella de la Comunió, construïda a final del segle XIX, que destaca per l'harmònia compositiva, per ser una de les majors de la Comunitat Valenciana i per la teuleria de reflex metàl•lic de la seua coberta piramidal a quatre aigües.


Saquejat i incendiat a l'agost de 1936, va ser reconstruït després de la Guerra Civil per bons artesans, qui seguint l'estètica del segle XVIII van realitzar imatges, altars i ornaments, i recuperaren en gran part el valor estètic de l'església de Sant Joan Baptista.


D'entre la gran quantitat d'aplicacions ceràmiques amb què compta el temple en el seu interior, cal destacar el sòcol de taulellets original de l'església, un viacrucis realitzat a finals del segle XIX sobre taulellets pel destacat pintor valencià Francisco Dasí, procedent de l'antic calvari municipal, i un panell de l'Últim Sopar, pintat per Arturo Almar en 1922, que va pertànyer originàriament al centre catòlic La Paz, i que reproduïx l'Últim Sopar del pintor Bassano, que es troba en el Museu dEl Prado de Madrid.